Em conformidade com as obrigações Estatutárias da FUNAEPE, a elaboração dos Relatórios de Gestão tem por objetivo a prestação de contas anual (Lei nº. 8958/94) ao Ministério Público Estadual. Assim sendo, submetemos, o resumo de nossas atividades administrativas, gerenciais, contábeis e de gestão à análise de auditoria externa. As informações constantes no relatório estão estruturadas em cinco partes.

A primeira delas (Parte 1) refere-se ao Relatório do Exercício, onde são apresentadas informações referentes à estrutura organizacional da Fundação, a composição dos Conselhos Deliberativo e Curador, assim como a relação dos projetos gestados no mesmo período. Consta ainda nessa primeira parte, a relação das deliberações expedidas pelos conselhos e a síntese descritiva e análise evolutiva dos valores gerenciados pela Fundação.

Na segunda parte do relatório (Parte 2) é apresentado o Planejamento Orçamentário, no qual se contempla uma análise comparativa sobre as contas da fundação, considerando os dados dos cinco últimos exercícios anuais e sobre os quais se projeta a previsão de despesa e receita para o Exercício seguinte.
A terceira parte (Parte 3) contempla o Plano de Ação da Fundação proposto para os próximos 2 anos, onde são relacionadas às ações e atividades estratégicas a serem implementadas para o fortalecimento da FUNAEPE, contemplando sua infraestrutura, estrutura organizacional, aperfeiçoamento dos processos operacionais e relacionamento externo.
Por fim, a quarta e a quinta parte (Parte 4 e Parte 5) do relatório constituem-se, respectivamente, da relação dos Balancetes Contábeis  e do Relatório de Auditoria Externa, contemplando o resultado da análise independente das contas da Fundação e sua certificação.