Em conformidade com o Estatuto da FUNAEPE no que tange às responsabilidades de seus dirigentes, anualmente são submetidas aos Conselhos Deliberativo e de Curadores as informações e documentos necessários para o correto desempenho das funções setoriais. Os Conselhos Deliberativo e de Curadores se reunirão por convocação de seus Presidentes, ordinariamente, uma vez a cada semestre, e, extraordinariamente, quantas vezes forem necessárias, por iniciativa própria ou a requerimento da maioria dos seus membros.
Visando a efetiva transparência de seus atos, a FUNAEPE disponibiliza suas atas para acompanhamento de suas deliberações:
FUNAEPE é uma instituição de direito privado, sem fins lucrativos, sem acionistas ou cotistas, dotado de autonomia administrativa, patrimonial e financeira, devidamente credenciada junto aos Ministérios da Educação (MEC) e de Ciência e Tecnologia (MCT).