Em conformidade com o Código Civil, é concedido ao Ministério Público Estadual o dever de velar pelas fundações situadas em sua respectiva área de atuação.

Para a fiscalização das Fundações é assegurado à Promotoria das Fundações a adoção das seguintes medidas:
I- exame anual da contabilidade, compreendendo: as demonstrações contábeis, livros, registros e documentos fiscais e administrativos, relatórios dos dirigentes, parecer do conselho fiscal e de Auditor Independente quando houver;
II- requisição de relatórios, balancetes, extratos bancários, atas de reuniões, regulamentos e atos gerais dos administradores, demais documentos e informações que interessem à fiscalização das Fundações;
III- realização de auditorias, visitas e inspeções para a avaliação da situação patrimonial, da adequação da atividade a seus fins, a qualidade e legalidade dos serviços prestados a sociedade, e o cumprimento do plano de aplicação de recursos;
IV- comparecimento às reuniões dos órgãos diretivos, com a faculdade de debater as matérias em pauta;
V- promover judicialmente a intervenção na entidade, com a remoção de seus dirigentes e a indicação da nomeação de interventor, conforme o caso;
VI- autorizar previamente a alienação ou constituição de ônus reais sobre os bens patrimoniais, requerendo, se necessário, o sequestro dos bens alienados irregularmente e outras medidas cabíveis;
VII- promoção da anulação ou ineficácia dos atos praticados pelos dirigentes decorrentes da inobservância da legislação, estatuto ou regimento interno e,
VIII- quaisquer outras providências administrativas e judiciais que julgar pertinentes ao exercício de suas atribuições. 

Visando a efetiva transparência de seus atos, a FUNAEPE disponibiliza os Atestados de Regularidade junto ao MPE/MS: