Em conformidade com a Portaria Interministerial 191 de 13 de março de 2012, as Fundações de Apoio necessitam ser registradas e devidamente credenciadas junto ao MEC/MCTIC. Os pedidos de autorização são protocolados junto ao Ministério da Educação e decididos em ato conjunto dos titulares dos Ministérios da Educação e da Ciência, Tecnologia e Inovação. Para o registro, conforme art. 58 do Estatuto da FUNAEPE, o credenciamento e recredenciamento no Ministério da Educação será necessário o referendo pelo Conselho Universitário da UFGD, bem como o cumprimento das demais normas emanadas daquele Ministério.
Visando a efetiva transparência de seus atos, a FUNAEPE disponibiliza seus Processos de Registro e Credenciamento junto ao MEC/MCTIC em atendimento às exigências legais:
FUNAEPE é uma instituição de direito privado, sem fins lucrativos, sem acionistas ou cotistas, dotado de autonomia administrativa, patrimonial e financeira, devidamente credenciada junto aos Ministérios da Educação (MEC) e de Ciência e Tecnologia (MCT).